土庫順天宮媽祖廟內的壁堵鑲嵌一面「重修順天宮碑記序」的石碑，碑文內容提及順天宮為道光14年（1834）粧塑聖像、倡建神宮。當年廟宇的興建，獲得四面八方的善信響應，可說有錢捐錢，有力出力，但因工程過於浩大與繁雜，一直要到了道光庚子年（1840）秋天才進行後殿的興修，結果又因地震而延宕，直到咸豐元年（1851）地方眾人才再度著手興建，並於隔年咸豐2年（1852）完工。

土庫順天宮存有歷次整修、擴建的文物或石碑，其中一面名為「完修順天宮禪室建造聖亭碑記」的石碑記載清咸豐2年（1852）興建順天宮媽祖廟比丘、比丘尼使用的禪室。顯示早期順天宮媽祖廟是由佛教臨濟宗派下禪師所主持或攜帶來臺，不過現在已見不到佛教的住持僧侶，這演變其來有自。主因是在清領時期常見佛教住持僧侶，但戰後因為國民政府更改為「管理委員會制度」，致使媽祖廟住持僧侶制度的傳統消失。

昭和15年（1940）臺灣總督府下令各州廳轄下的郡市及各街庄役場必須執行「諸佛升天」的運動，將所有轄境內道教祠廟加以拆除，或神佛燒毀，建築轉為他用。當時六房媽過爐值年五間厝股的二重溝爐主林侯祥，為避免六房媽神尊在斗六郡斗南街境內遭到毀壞，遂連夜聯繫保正林昭頂，與虎尾郡土庫街過港聚落的劉營、林石松以小神轎密送六房媽姑婆金尊，利用夜間取道二重溝溪底小徑，並在土庫街竹腳寮一帶上岸。