北港朝天宮在昭和11年（1936）設立貧民診療所，由專業醫師為民眾服務，凡是貧病民眾，一律免費施醫。時隔40年之後，民國66年，籌劃創設媽祖醫院。歷經8年籌建，於民國74年11月落成開幕。當時的媽祖醫院是嘉南地區最具規模之醫院。當時許多地方民眾把土地賣給朝天宮，只取7成價款，雙方協議待朝天宮自辦市地重畫後，扣除公共設施及抵費地後，再分配土地給原地主，抵償未取得的3成價款。<br>朝天宮自建媽祖醫院後卻無法妥善經營，於是在民國70年代初期，縣長許文志拜會中國醫藥大學校長郭榮趙先生，表示歡迎中國醫大遷往雲林縣北港鎮。民國72年7月雙方完成協議，選擇北港媽祖醫院毗連土地作為中國醫大的第二校區。同年9月10日校方及北港朝天宮、雲林縣政府三方面代表在北港正式簽約，此案遂定。民國74年10月21日，北港分部學生正式上課，同年11月21日教育部派督學到分部視察各項設施，認為一切皆符合規定，旋於同年12月6日核准中國醫大北港分部正式設立。