二崙分駐所在明治32年（1899）創建，但原建築已不復存，大正15年（1926）原地重建，80餘年間歷經幾次改建而變成目前風貌。其中東側宿舍空間隔間形式、牆體與屋頂完全改為鐵皮，而與原建築式樣有較大差異，中間磚造辦公室及西側木造宿舍部份則仍維持創建時之樣式。分駐所建築反映日人在治理台灣時融合與運用在地知識，並表現在該建築上。

原二崙分駐所創建時間點對於外地人，甚至二崙人來說都有點模糊不清，無法講得很清楚。根據二崙鄉公所網站所稱，原二崙分駐所創建於明治32年（1899），為雲林縣最早分駐所。但如果根據雲林縣政府文化處網站資料則指出，縣定古蹟原二崙派出所據考應設立於明治32年（1899），然依據原二崙派出所磚造辦公室屋架上之棟札研判，現有的原二崙派出所建築物創間應該是在大正15年（1926）11月10日前。