萬年峽谷位在雲林縣古坑鄉草嶺風景區附近的溪谷中，介於草嶺村與樟湖村之間，因清水溪支流石鰻坑溪穿越谷地，因此舊稱石鰻峽谷。石鰻坑溪由東向西注入清水溪，水流經年累月地穿鑿與細磨岩壁致使地層出現多樣的紋理層次，凹凸與色澤，在河谷中可見一連串大小不一的壺穴、急流、瀑布及深潭等天然地形景觀，呈現秀氣的峽谷景緻。而兩岸的化石密集層，間夾貝類、海膽、有孔蟲等化石，且以海扇貝類所占比例較多。