斗六聖玫瑰天主堂於光緒8年（1882）由王靈牧跟杭若望神父在斗六開設傳教所，天主教正式傳入斗六，為開教的起源。不過光緒21年（1895）甲午戰爭之後，台灣中部以簡義、柯鐵為首掀起抗日潮，混亂的局勢致使不肖之徒趁機攻擊外籍教士及教徒，當時有天主教徒因身掛玫瑰念珠，遂遭殺害，而天主堂則成為一片廢墟。該次事件對雲林天主教徒來說，又稱為「斗六教亂」。