斗六大圳位於嘉南平原北端，東與清水溪並列，圳水由北而南；而清水溪則由南而北，猶如相對而馳的列車般；北與濁水溪成約50度交叉；東南為山脈起伏之大尖山；西北漸為平原。斗六大圳以清水溪、石龜溪、大湖口溪、崙子溪、石牛溪等為主要水源，境內設有28條小型埤圳。