北港溪最嚴重的問題是經常氾濫，其中又以乾隆15年(1750)及嘉慶2年(1757)兩次最為嚴重。乾隆15年北港溪氾濫，使北港街莊一分為二，形成以溪為界分為「笨北港」與「笨南港」。乾隆二十九年，余文儀重修台灣府志載笨港：「港分南北，中隔一溪，曰南街，曰北街，舟車輻輳，百貨駢闐，俗稱小台灣」。嘉慶2年台灣遭受颶台侵襲，北港溪氾濫成災，積水三日始退，河道南移，笨南港首當其衝，民宅，廟宇侵毀無數。