清光緒13年（1887）臺灣建省，首任巡撫劉銘傳在與閩浙總督楊昌濬討論後，覺得嘉義和彰化兩縣所管轄之範圍過廣，適合在中間多加一個縣，於是，雲林縣便誕生了，當時雲林縣治設在今天的竹山雲林坪，故得名雲林。

光緒13年（1887）2月5日，林圯埔（竹山）的天空下起了一陣大雨，百姓無不歡欣鼓舞，三天前，眾人剛完成了一座新城的興建，這場及時雨讓環植城外的刺竹成活可望。這座城，位在林圯埔九十九崁濁水溪河階台地的「雲林坪」而被命名為雲林縣城。雲林城扼守吳光亮提督所開闢的八通關古道入口，與後山的水尾（花蓮富源）駐軍東西相望。