許多人看到「天后」兩字，或「天后宮」總會誤以為祭祀的是「林默娘」，但虎尾天后宮源自於臺南市山上區天后宮，主祀「玉二聖母」。簡單來說，虎尾天后宮並非多數人所認知的「林默娘」信仰，而是福建省泉州府晉江縣五都天后宮二媽的信仰。這也是為何玉二聖母的聖誕是在農曆8月15日，與一般所熟知媽祖聖誕不同。 據廟方沿革記載，臺南山上區人林料安在臺中從事水電，向李清標租房寄居。某天林料安回到住處後，突然起乩並告訴房東李清標「您丈母娘有事，要他速往虎尾處理。」李清標的妻子確為虎尾人，林料安並派下數張符令予以應急。當時李清標在半信半疑下趕回虎尾，並依乩童林料安吩咐，最後將岳母由鬼門關前搶救回來。爾後林料安在眾人熱誠邀請下來到虎尾，起初依憑奉祀一塊寫著「山上 天上聖母」的三尺二寸「紅綾」為人解厄。民國43年吳秋永、藍文煙等人前往山上天后宮，迎請香火返回虎尾，並且雕塑金身供奉在中正路吳瑩陞善信家宅安座。民國53年地方人士籌備建廟委員會，同年5月由聖母擇定現址破土興工，年底後殿竣工，並進行鎮殿安座。民國54年2月整體廟宇完工，舉行落成入火典禮。當時興建係由陳壽彝彩繪、北港剪粘匠師吳彬施作，但在民國93年改建時遭到剷除。