斗六長老教會為雲林縣第一個基督教會所，創建於光緒10年（1884），其中歷經多次改建。根據耆老表示，斗六基督長老教會初成立時，是借用信徒余榮桂、吳祿的住宅作為禮拜堂。教會是在大正2年（1913）才正式建成。當時建材是二林鄉一座大廟宇所拆下的舊木材，所以斗六長老教會算是循環再利用的先鋒。

北港朝天宮是知名的宗教重鎮，家喻戶曉自不待言。不過北港基督教長老教會亦有百年歷史，如果長老教會在朝天宮廟前廣場搭棚宣教，會是一個怎麼樣的光景？根據教會公報大正2年（1913）6月1日報導，1913年3月英國長老會牧師何希仁（Rev. Hope Moncrieff M.A.）收到英國宣道會寄來一頂可容百人的大帳蓬。

西螺長老教會是彰化和雲林地區創立年代最早的長老教會，起源於光緒5年（1879）6月間，有一位住在垺內庄（今虎尾垺內里）的信徒王琴，往來嘉義與西螺茄苳仔等地，以賣中藥及治病為業，並熱心傳揚基督教福音，一開始先借用信徒周宇的住家聚會數年，稱之「耶穌聖教茄苳仔教會」。