蚶仔寮開基萬善祠主祀萬善爺，但與一般民眾認知的「有應公」、「百姓公」等無嗣信仰有所不同。蚶仔寮本地的居民相信，萬善爺是道光25年（1845）水難死亡的祖先，且已由道光皇帝敕封「萬善同歸」，升格為神明。

蚶仔寮的萬善爺神像頭戴相帽，身著蟒袍，配祀文武判官，有分靈廟宇和神像的儀式行為，與「正神」廟宇無異，廟中亦設有「內五營」神兵神將，供萬善爺調遣，以護境安民。