古坑鄉在東寧王國時期為原住民奇冷岸社和斗六門社游獵、火耕的社域所在地。到了康熙二十三年（1684）台灣納入清帝國版圖，初始原屬諸羅縣轄屬，乾隆五十三年（1788）更名為嘉義縣轄屬，直到清光緒十三年（1887）析分設置雲林縣，當今古坑鄉境，基本上就各聚落而言分屬斗六堡、他里霧堡和打貓東堡管轄。