明治35年（1902）5月25日本人舉行斗南地區的歸順式，當日義軍趁機襲擊日軍，導致多名日本兵傷亡，為了紀念此事，日本政府便在順安宮廟前設置一座「忠魂碑」。昭和12年（1937），臺灣總督府為推動「皇民化運動」，以「神佛升天」的名義，拆除各地祠廟並燒毀神尊。昭和16年（1941）時任斗六郡守的中松乙彥先生為報復早年的日本守備軍遭義民軍刺殺的的仇恨，遂藉由皇民化名義將斗南順安宮媽祖廟予以拆毀。